El origen del equipo Santos Laguna sé dio a partir del año de 1979 en el poblado de Oaxtepec, Morelos. En 1982 se organizó un torneo nacional entre equipos del IMSS donde quedó ganador un equipo de la Comarca Lagunera lo que permitió la participación en la Segunda División «B» en la temporada de 83-84.
En la temporada 84-85 el equipo lagunero logró de nuevo su ascenso a la Segunda División A, pero el IMSS dejó de patrocinar a los equipos profesionales de fútbol, por lo que decidió vender la franquicia recién ascendida a empresarios de la comarca lagunera, a partir de esta fecha al equipo se le denomina Santos Laguna; fue una época difícil ya que estaba en pelea del no descenso, los técnicos a cargo fueron Carlos Lara y Joaquín Mendoza.
En la temporada 85- 86 el equipo mejoró en el aspecto deportivo pero aún sin lograr la calificación a la liguilla de la Segunda División A, los técnicos fueron Joaquín Mendoza y Carlos Ortiz. En 1986-1987 el equipo sube de nivel logrando obtener el primer lugar de la tabla general, sin embargo le faltó mayor juego para alcanzar subir a la Primera División.
El equipo lagunero tuvo la oportunidad de alcanzar el ascenso a la Primera División pero fue eliminado en dos liguillas. A finales del torneo 1987-1988 el equipo Ángeles de Puebla de la Primera División atravesaba problemas financieros por lo que se anunció la venta de esa franquicia.
Los directivos del equipo lagunero de la Segunda División «A» al percatarse de este anuncio, tomaron la decisión de ofertar y comprar el equipo poblano y así llevarlo a la ciudad de Torreón, por lo que se dio la oportunidad de participar en el máximo torneo del fútbol nacional. Santos Laguna debutó en la Primera División en el torneo 88-89.
La Temporada 93-94, fue de despegue para el equipo, era la primera ocasión en que llegaba a una final y obtenía su primer subcampeonato ante al equipo de U.A.G.
El fútbol mexicano sufrió cambios y se tomó la decisión de hacer dos torneos y con ello dos finales, así que el nuevo torneo de Invierno 1996 Alfredo Tena logró llevar al Santos Laguna a la final, su rival el bicampeón Rayos del Necaxa. Santos logró su primer título, ante 20 mil personas que llenaron el Estadio Corona. El gol del título lo marcó Jared Borgetti.
Para el Verano 2001 el club de nueva cuenta obtiene un buen papel colocándose en el segundo lugar de la tabla general y por cuarta vez juega una final; Santos nuevamente alcanzó el máximo logro para un equipo de la Primera División al ganar su segundo título de Liga en su historia tras derrotar a Pachuca 3-1 en el partido de ida (global 4-3) de la gran final del torneo de Verano 2001.
Para el Apertura 2003, el Santos celebró sus primeros 20 años de participación en el fútbol profesional mexicano; por lo que hubo un gran festejo, se logró calificar a la liguilla y fue vencido en Cuartos de Final por el Atlante.